Saphyr Gen 2 - Pea

La nouvelle version du système de production de carte optique Saphyr de Bionano Genomics est maintenant en service au CNRGV.

Ajouté le : 30 septembre 2021

Bénéficiant d’un financement de la région Occitanie, le CNRGV dispose de la nouvelle version du système Saphyr de Bionano Genomics.


Cette évolution du système Saphyr permet de produire :

- simultanément 3 cartes optiques de génome au lieu de 2.

- plus de 5000 Gbp par génome au lieu de 1300 Gbp, soit un gain de 280% et la promesse d’obtenir des contigs uniques à l’échelle d’un chromosome, par exemple.

Dans le cadre du projet PPR Specifics en collaboration avec Marie-Laure Pilet-nayel de l’ UMR IGEPP (Rennes), une première carte optique de Pois, Pisum sativum (4,3Gb), a été produite grâce à ce nouveau système. Cette carte présente des métriques record avec une N50 de 63Mb et une taille maximale des cartes de 236 Mb. Plusieurs bras de chromosomes sont entièrement assemblés, soulignant l'efficacité de cette technologie pour la génomique végétale.

Concernant la technologie utilisée, elle reste identique. Il s’agit d’un scanner de très haute résolution qui permet de visualiser des molécules d’ADN marquées à des sites spécifiques par un fluorophore. Au sein d’une puce, les molécules d’ADN vont être étirés, individualisés par électrophorèse, à travers des nanocanaux. Lors de chaque cycle d’électrophorèse sera capturer l’image de 120 000 nanocanaux.

Nous remercions INRAE et la région Occitanie, pour avoir contribué à l’acquisition de cet outil pertinent, pour l’amélioration des connaissances en génomique végétale.