Eucalyptus BAC libraries as tools to identify and characterize genomic sequences involved in wood formation

En collaboration avec :

• Dr. Jacqueline Grima-Pettenati
  UMR 5546 "Surfaces Cellulaires et Signalisation chez les végétaux"
  Pôle de Biotechnologie Végétale
  24 chemin de Borde Rouge
  31326 Castanet Tolosan

• Dr. Jorge Paiva
  IBET
  Av. Republica, Qta do Marques (EAN)
  Apartado 12
  2781-901 Oeiras
  Portugal

site web : http://www.smcv.ups-tlse.fr/ - www.geneglob.org - www.ibet.pt - www.iict.pt

Résumé:

Les eucalyptus sont les arbres forestiers les plus cultivés au monde. Les espèces d’Eucalyptus cultivées sont utilisées pour le bois d’œuvre, le charbon, une grande variété de produits chimiques, la pâte à papier, l’énergie (combustion) et aussi pour la récupération de sols marginaux. L’espèce grandis, cultivée dans les régions tropicales et subtropicales et l’espèce globulus, limitée aux régions tempérées, sont les plus importantes d’un point de vue commercial et industriel.

Différents groupes dans le monde, privés pour la majorité, ont commencé des programmes d’amélioration des espèces d’Eucalyptus. Ces programmes sont focalisés prioritairement sur les plantations industrielles avec l’objectif d’augmenter la production par hectare, la densité du bois et le rendement en pâte. Récemment, les propriétés du bois que affectent l’économie et /ou le coût de la fabrication des pâtes ou la qualité du papier (e.g. contenu en lignine), ont été incluses dans ces programmes.

Les approches moléculaires offrent un grand potentiel pour les programmes d’amélioration des eucalyptus permettant l’identification clonale, l’amélioration moléculaire ou sélection assistée par marqueurs. Les approches génomiques pourraient améliorer considérablement l’amélioration de ces espèces.

Dans ce but, un réseau international « Eucalyptus Genome Network » EUCAGENE ; www.ieugcup.ac.za) a été formé avec l’objectif de promouvoir le développement de ressources génomiques publiques, et d’être un forum d’échanges scientifiques, pour l’Eucalyptus. Grâce à EUCAGENE, le projet de séquençage intégral du génome de E. grandis a été approuvé, et le premier draft sera disponible en 2010 (US Department of Energy,J. Tuskan, pers comm.).

Récemment (mars 2008), deux banques BAC de E. grandis, ont été générées par l’Université de Arizona, avec une couverture estimée du génome de 30X (~160,000 clones BAC). Ces banques disponibles pour la communauté scientifique, vont, permettre la construction de cartes physiques, le séquençage complet du génome, l’identification et la caractérisation de la structure des gènes ou le développement de nouveaux marqueurs.

Le but du projet EcaBac est d’explorer les banques BAC d’eucalyptus dans le but d’identifier et de caractériser des régions génomiques impliquées dans la formation du bois et des propriétés physiques et chimiques du bois ;

Le projet bénéficie de la disponibilité des banques BAC d’eucalyptus, de l’expertise du CNRGV (INRA-Toulouse) pour la préparation des outils génomiques (préparation de filtres haute densité, préparation de pools de clones BAC), et les efforts conjoints de CNRS/UPS et IICT et du CNRGV pour l’identification de clones BAC, le séquençage et l’analyse fonctionnelle des gènes.

Techniques utilisées par le CNRGV

Responsables : Elisa PRAT/ Sonia VAUTRIN

- Production et criblage sur macroarrays
- Production et criblage sur pools d'ADN en 3D.