Caractérisation du génome de la Gerbille

Coordinateur du projet:
Gautier DOBIGNY
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR IRD-INRA-Cirad-SupAgro Montpellier)
Campus International de Baillarguet
CS30016
34988 Montferriez-sur-Lez cedex
France
Gauthier.Dobigny@ird.fr

Partenaire:
Philippe GAUTHIER -  CBGP - Centre de Biologie et de Gestion des Populations, UMR IRD-INRA-Cirad-SupAgro Montpellier - FRANCE

Site web:
http://www1.montpellier.inra.fr/cbgp/?q=fr/users/dobigny-gauthier

Résumé:

Gerbillus nigeriae est une gerbille inféodée aux sols sableux des régions semi-arides ouest africaines. Essentiellement granivore, elle constitue un important ravageur des cultures céréalières dans le Sahel où elle peut déterrer jusqu’à la totalité des semis de mil et de sorgho, faisant ainsi peser une menace supplémentaire sur une agriculture déjà fragilisée par les aléas bio-climatiques. Aujourd’hui, certaines analyses de dynamique et de génétique des populations de gerbilles, ainsi que des tests de méthodes de lutte traditionnelle en champs permettent de proposer des éléments de lutte efficaces et accessibles aux populations locales.
Outre son intérêt agronomique, la distribution géographique de cette espèce a fait l’objet d’une étude précise, notamment parce que Gerbillus nigeriae présente des variations chromosomiques étonnantes (2N=60-74) connues pour être parmi les plus spectaculaires chez les mammifères et qui s’expliquent par de multiples fusions centriques qui ségrégent largement dans toutes les populations naturelles examinées. Les données méiotiques montrent l’existence d’individus hétérozygotes multiples, suggérant une possible tolérance particulière aux fusions centriques. Par ailleurs, des analyses de cytogénomique ont démontré la présence d’éléments répétés péricentromériques dont la structure moléculaire et l’organisation pourraient favoriser les fusions elles-mêmes. Ce modèle biologique est donc particulièrement intéressant pour étudier l’origine ainsi que les conséquences évolutives de la plasticité génomique chez les mammifères. Malheureusement, le grand nombre de chromosomes de son caryotype ainsi que la teneur exceptionnelle de son génome en éléments répétés (jusque 50%) rendent très difficile l’identification précise et non ambiguë de chaque paire chromosomique. C’est la raison pour laquelle nous avons développé une banque BAC Gerbillus nigeriae-spécifique. Cette banque BAC nous permettra en premier lieu de produire des BACs chromosome-spécifiques afin d’être capable de reconnaître chaque chromosome du caryotype, facilitant ainsi grandement notre compréhension de l’évolution chromosomique fascinante de cette espèce. Elle pourra servir dans un second temps au séquençage haut débit de tout ou partie de son génome en vue d’analyses encore plus fines.

•    Famille : Muridae
•    Sous-famille : Gerbillinae
•    Genre : Gerbillus
•    Génome : diploïde (2n=62 à 74)
•    Localisation : Niger (Afrique sahélienne)

Implication du CNRGV:
Responsable: Genséric BEYDON