Séquençage du génome de la tomate

Gestion des banques BAC de la tomate et définition du minimum tilling path pour le séquençage du chromosome 7

Projet développé dans le cadre du Solanaceae Genome Network

En collaboration avec

•  Dr. Monder Bouzayen
   Laboratoire de Génomique et Biotechnologies des fruits
   UMR990
   Chemin de Borde Rouge
   31326 Castanet Tolosan

Site internet: http://gbf.ensat.fr/gbf_projects.html

Résumé

Un projet international, International Solanaceae Genome Initiative, s’est mis en place dans le but de séquencer le génome de la tomate. La stratégie qui a été adoptée consiste à séquencer les régions riches en gènes. Elle découle de résultats qui montrent que chez la tomate la grande majorité des séquences géniques se trouvent concentrée dans des régions euchromatiques contiguës et constituant environ 25% des 950 Mb du génome de la tomate. La démarche choisie consiste à identifier et à séquencer un minimum tilling path de clones BAC présent dans ces 220Mb d’euchromatine. Le génome de la tomate est constitué de 12 chromosomes. Chaque pays partenaire participe à cet effort en prenant en charge le séquençage d’un ou plusieurs chromosomes ( http://www.sgn.cornell.edu/about/tomato_sequencing.pl ). En France, le laboratoire GBF de Monder Bouzayen, est responsable du séquençage du chromosome 7.

Résultats

La première version de la séquence complète du génome de la tomate vient d’être obtenue par le consortium international et une première version de ces données est disponible sur le site SGN ( http://solgenomics.net/tomato/ ).

Techniques utilisées par le CNRGV

Responsable : Sonia VAUTRIN

- Criblage sur Macroarrays
 - Production de pools en 3D DNA: banque SL_MboI et SL_HindIII
 - Criblage sur pools