Ce projet a obtenu un financement par l’Europe et la Région Midi-Pyrénées.

Cette action est inscrite dans l’axe 1, Objectif spécifique 1, Action 1 du programme opérationnel FEDER-FSE Midi-Pyrénées et Garonne 2014-2020.La Région apporte son soutien au financement de ce projet dans le cadre de la procédure « Structures mutualisées de recherche – soutien aux projets R & D collaboratifs et ses modalités de paiements »

La durée de ce projet est de 3 ans avec un démarrage au 01.01.2016.

Résumé du projet

Afin de toujours se positionner à la pointe des technologies pour l’analyse des génomes des végétaux, le CNRGV doit s’adapter aux nouvelles technologies en émergence et proposer des solutions adaptées à la recherche de pointe et de qualité. Dans ce cadre, le CNRGV développe de nouvelles approches afin de mieux étudier les génomes végétaux et participer efficacement aux projets de recherche auxquels il collabore avec de nombreux laboratoires.

Dans le cadre de ce projet deux axes principaux seront développés :

• La mise en place d’une technologie de cartographie optique qui permet d’étudier la structure des génomes dans leur globalité en établissant des cartes physiques mais aussi plus finement en identifiant des variations structurales. Un nouvel équipement, l’Irys® de BioNano Genomics sera acquis lors de ce projet qui permettra d’améliorer la connaissance des génomes végétaux et ainsi de mieux caractériser des mécanismes biologiques d’intérêt.
• Le développement d’une   approche innovante permettant de sélectionner rapidement des régions génomiques responsables de caractères d’intérêt agronomique majeurs. En effet, chez les plantes, un grand nombre de caractères sont associés à des mutations génétiques dans des régions spécifiques. Ce projet de développement méthodologique construit en partenariat avec Picometrics et l’équipe d’Aurélien BANCAUD du LAAS-CNRS (Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes de TOULOUSE), a pour but de développer une approche permettant d’identifier et d’isoler efficacement des régions candidates grâce au séquençage des fragments d’ADN ciblés.

L’enjeu de ce projet est de proposer de nouveaux outils performants et adaptés pour l’analyse à haut-débit des génomes des végétaux en tenant compte des évolutions des technologies dans le domaine. Cela permettra également de conforter la reconnaissance du CNRGV en Europe et plus largement, sur le plan international, auprès de la communauté scientifique publique et privée.

Pour la réalisation de ce projet, le CNRGV a également obtenu le financement pour le recrutement de 2 ETP en CDD pour une durée de 3 ans. ( Céline Chantry-Darmon et Céline Jeziorski ont été recrutées au démarrage du projet en janvier 2016. Sandrine Arribat est arrivée en février 2017 en remplacement de Céline Jeziorski).

Nos communications sur le projet

08/07/2016        DynaGev

06/10/2016         EPGV

23/11/2016         HeliOr Bionano

16/01/2017         PAG 2017 Bionano / PAG 2017 consortium Sunflower/ PAG2017 Poster Tournesol / PAG2017 Poster CATCH

16/03/2017         Plant Genomics and Gene Editing Congress

14/01/2018         PAG 2018 Poster CATCH

Project coordinator:

CNRGV
Hélène BERGES

Project partners:

INRA - LIPM
Stéphane Munos
Nicolas Langlade
24 chemin de Borde Rouge
31326 Castanet Tolosan
Email : stephane.munos@inra.fr

LAAS - CNRS
Aurélien Bancaud
7, avenue du colonnel Roche
31077 Toulouse
Email : abancaud@laas.fr

Abstract:

Agricultural research must deal with major issues on various scales, in light of the changing climatic and demographic context, where energy resources are limited. In this context of a need for improvement and adaptation of plants, genomic exploration is one of the strategic approaches of choice. Indeed, genomics will allow to define the gene content, their organization, their biological function and their variability between the different varieties. This knowledge facilitate the identification of interesting plant genes, which can play a role in biotic or abiotic resistance, in yield or in the quality process. However, the exploration of plant genome can be challenging  due to the complexity of plant genomes in terms of size, repetitive elements content and various levels of ploidy.
Linking a phenotype to a genomic region is crucial to better understand biological process. However, these approaches are still based on the study of the whole genome. Most research projects require a reliable  sequence of the region of interest genetically characterized or to be able to explore these regions on a larger population of individuals.
To meet these expectations, the CATCHMI project aims at developing a new approach to capture specific genomic regions of interest. This innovative strategy is based on the CRISPR / Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) technology. Indeed, this technique used in vitro can be an effective means of targeting, excising and characterizing a specific region of a genome. This CRISPR-CATCH method was tested on a bacterial genome  (Jiang et al., 2015). We'll develop this approach on large and complex plant genome regions in Sunflower.

CNRGV's responsible

• Carine Satgé

CNRGV involvement

• Development of this new approach.

YouTube : https://youtu.be/PWy7SZl0MW8