Nous proposons des solutions pour capturer sélectivement de grands fragments d'ADN afin d'étudier la diversité d'une région d'intérêt agronomique au sein de la diversité intraspécifique.

Le CNRGV propose un service spécialisé de séquençage ciblé de régions génomiques d'intérêt, combinant les technologies de capture de séquences et de séquençage à lecture longue. Ce service est conçu pour caractériser des régions d'intérêt de tailles comprises entre dix à plusieurs centaines de kilobases au sein de plusieurs variétés, représentatives de la diversité d’une espèce végétale.

Le CNRGV développe des méthodes de séquençage ciblé en exploitant la capacité du séquenceur P2 d'Oxford Nanopore Technologies à séquencer sélectivement des fractions spécifiques  dans un génome. Cette approche, appelée Nanopore Adaptive Sampling (NAS), compare en temps réel entre les séquences des molécules d'ADN en cours de séquençage et aux informations  d'une base de données constituée de séquences cibles. En fonction de critères prédéfinis, une molécule d'ADN sera soit séquencée, soit rejetée, pour séquencer uniquement les régions génomiques souhaitées.

La technologie Samplix Xdrop Sort offre une solution innovante pour le séquençage ciblé de grands fragments d'ADN. Son principal avantage réside dans sa capacité à isoler et à amplifier des régions d'ADN spécifiques d'intérêt sans nécessiter de connaissances préalables de la séquence complète du génome. Un simple marqueur PCR permet de repérer une région d'intérêt.