Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

Structural and Functional Genome Annotation

L’équipe du CNRGV est heureuse de vous annoncer la mise en place d’un nouveau service dédié à l’annotation des génomes. Ce service, désormais opérationnel, couvre l’ensemble du processus d’annotation : de l’extraction d’ADN à l’annotation fonctionnelle, afin de vous proposer une prise en charge complète de la caractérisation de vos génomes.

 

1. Extraction des ARN

Sous réserve d’un matériel végétal de qualité optimale, nous réalisons l’extraction des ARN à partir de divers tissus végétaux : racines, feuilles, tiges, fleurs, etc.

2. Préparation des librairies Kinnex

À partir des ARN extraits, nous préparons les librairies de séquençage en utilisant la technologie Kinnex de Pacific Biosciences. Cette technologie basée sur la méthode MAS-Seq (concaténation de fragments), associée au séquençage HiFi et au système Revio, permet d’obtenir les séquences pleines longueurs des transcrits en augmentant significativement la quantité de données produites (jusqu’à 16 fois plus que les méthodes classiques avec Sequel II). La possibilité de barcoder jusqu’à 12 échantillons permet d’optimiser les coûts.

3. Obtention d’isoformes de haute qualité

Le pipeline d’analyse Kinnex génère uniquement des isoformes de pleine longueur et de haute qualité, idéales pour des annotations de génomes précises.

4. Annotation structurale et fonctionnelle

  • Nous utilisons le pipeline Eugene* ( http://eugene.toulouse.inrae.fr/) pour réaliser l’annotation structurale. Ce dernier intègre des données transcriptomiques (RNA-seq ou Isoseq/Kinnex) et protéomiques pour la prédiction des gènes.
  • Pour l’annotation fonctionnelle, nous avons développé un pipeline flexible, s’appuyant sur des outils complémentaires et bases de données variées, afin de fournir une annotation aussi exhaustive que possible.
  • Pour annoter les éléments transposables, nous recommandons de contacter l'URGI (Unité de Recherche Génomique Info). L'URGI est une unité INRAE qui propose un service d'annotation des éléments transposables. Son expertise dans ce domaine est reconnue :  https://urgi.versailles.inrae.fr/Annotation/Service-offering

 

Notre solution complète propose une prise en charge du matériel végétal à l’annotation fonctionnelle.

 

* Sallet E., Gouzy J., Schiex T. (2019) EuGene: An Automated Integrative Gene Finder for Eukaryotes and Prokaryotes. Methods in Molecular Biology.