Oxford Nanopore Technologies Adaptive Sampling : capture par séquençage sélectif

Le CNRGV développe des méthodes de séquençage ciblé en exploitant la capacité du séquenceur P2 d'Oxford Nanopore Technologies à séquencer sélectivement des fractions spécifiques  dans un génome. Cette approche, appelée Nanopore Adaptive Sampling (NAS), compare en temps réel entre les séquences des molécules d'ADN en cours de séquençage et aux informations  d'une base de données constituée de séquences cibles. En fonction de critères prédéfinis, une molécule d'ADN sera soit séquencée, soit rejetée, pour séquencer uniquement les régions génomiques souhaitées.

L'approche NAS permet le séquençage de régions génomiques spécifiques (exons, gènes ou chromosomes entiers, par exemple) sans nécessiter de protocoles d'enrichissement préalables ou de réactifs supplémentaires. Elle  peut ainsi être utilisée pour réaliser des séquençages sélectifs au sein d'échantillons complexes. Par exemple, si l'on dispose d'ADN extrait à partir de plantes en interaction avec son microbiote, il sera possible de séquencer exclusivement l'ADN bactérien en excluant l'ADN végétal.

Le CNRGV développe actuellement plusieurs méthodes pour développer des services basés sur l'approche NAS. Si vous êtes intéressé par celle-ci, n'hésitez pas à nous contacter pour discuter de la faisabilité de votre projet ou pour explorer les possibilités de collaborations pour développer de nouvelles méthodes.

Les tests en cours sont financés par l'institut Carnot Plant2Pro dans le cadre du projet GREASE.