Samplix Xdrop Sort : capture par amplification PCR et tri en gouttelettes

La technologie Samplix Xdrop Sort offre une solution innovante pour le séquençage ciblé de grands fragments d'ADN. Son principal avantage réside dans sa capacité à isoler et à amplifier des régions d'ADN spécifiques d'intérêt sans nécessiter de connaissances préalables de la séquence complète du génome. Un simple marqueur PCR permet de repérer une région d'intérêt.

La méthode se base sur la capacité de l'appareil de microfluidique Samplix Xdrop Sort à isoler chaque brin d'ADN du génome dans une gouttelette, au sein de laquelle une PCR sera réalisée qui permettra de trier les gouttelettes contenant la région d'intérêt. Les longs fragments d'ADN (jusqu'une centaine de kilobases) sont ainsi capturés tout en préservant l'intégrité structurelle des séquences. Cette méthode possède un fort potentiel pour le séquençage de grands loci génomiques.

Les tests en cours démontrent l'efficacité de la technologie Samplix Xdrop Sort pour capturer sélectivement les régions d'intérêt, avec un excellent rapport entre l'ADN ciblé et celui qui constitue le bruit de fond. Cependant, des améliorations sont encore nécessaires au niveau de l'amplification de l'ADN, avant le séquençage, afin d'éviter la formation de fragments d'ADN chimériques. Plusieurs solutions sont en cours d'évaluation.

Si vous êtes intéressé par les capacités de Samplix Xdrop Sort, nous vous encourageons à nous contacter pour discuter de la faisabilité de votre projet ou explorer des collaborations potentielles pour le développement de nouvelles applications.

L'appareil Samplix Xdrop Sort disponible au CNRGV a été financé par le GIS IBiSA et le département BAP de l'INRAE.