Service de séquençage ciblé utilisant la méthode Twist Bioscience

Le CNRGV propose un service spécialisé de séquençage ciblé de régions génomiques d'intérêt, combinant les technologies de capture de séquences et de séquençage à lecture longue. Ce service est conçu pour caractériser des régions d'intérêt de tailles comprises entre dix à plusieurs centaines de kilobases au sein de plusieurs variétés, représentatives de la diversité d’une espèce végétale.

L'approche combine la technologie de capture par sondes de la société TWIST Bioscience, avec le séquençage de longues lectures sur les outils de PacBio ou d’ONT. Cette méthode permet l'assemblage de haute qualité de régions d'intérêt de plusieurs dizaines de kilobases, fournissant des informations détaillées sur les variations de structures entre les variétés du panel de diversité.

Le CNRGV gère l'ensemble du processus qui comprend le développement du panel de sondes en collaboration avec TWIST Bioscience, l'extraction d’ADN, la préparation des échantillons, le séquençage et, enfin, l'assemblage des données de séquences.

Pour mettre en œuvre cette méthode, il faut disposer d'un génome de référence comprenant la région d’intérêt. Cette séquence de référence sert de base pour le choix des sondes distribuées sur l'ensemble du locus. A partir de cette séquence, l'équipe du CNRGV évaluera la faisabilité de votre projet en fonction des caractéristiques de la région d’intérêt à séquencer, notamment son ratio de séquences spécifiques par rapport aux séquences répétées.

Notre équipe est à votre disposition pour discuter de votre projet et vous proposer une solution personnalisée et adaptée à vos besoins.