Sustainable fruit production relies on the introduction of genetic resistance to diseases and pests from wild populations into the cultivated germplasm.

For identifying genes linked to agronomically important traits, we collected wild apricot populations of Apricot related species, they present a high level of genotypic and phenotypic diversity.

De novo genome assemblies were performed for the most important Armeniaca Fruit species (P.armeniaca, P. sibirica, P. mandshurica), in order to facilitate the introgression of valuable genes into the cultivated germplasm.

In the current project, we propose to compare their genome architecture and identify possible structural re-arrangements during Armeniaca evolutionary history.

• Project coordinator

Véronique DECROOCQ

INRA UMR BFP 1332, Virologie

veronique.decroocq@inra.fr

Laboratory website : https://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/bfp

• Other Project Partner(s)

Alexis GROPPI

Université de Bordeaux CBIB

alexis.groppi@u-bordeaux.fr

Laboratory website : https://www.cbib.u-bordeaux.fr/

• CNRGV's responsible: Sandrine Arribat

• Realated publications

Groppi Alexis, Shuo Liu, Amandine Cornille, Stéphane Decroocq, Quynh Trang Bui, David Tricon, Corinne Cruaud, Sandrine Arribat, Caroline Belser, William Marande, Jérôme Salse, Cécile Huneau, Nathalie Rodde, Wassim Rhalloussi, Stéphane Cauet, Benjamin Istace, Erwan Denis, Sébastien Carrère, Jean-marc Audergon, Guillaume Roch, Patrick Lambert, Tetyana Zhebentyayeva, Wei-sheng Liu, Olivier Bouchez, Céline Lopez-roques, Rémy-félix Serre, Robert Debuchy, Joseph Tran, Patrick Wincker, Xilong Chen, Pierre Pétriacq, Aurélien Barre, Macha Nikolski, Jean-marc Aury, Albert Glenn Abbott, Tatiana Giraud, and Véronique Decroocq. 2021. Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events. Nature Communications 1–16. doi: 10.1038/s41467-021-24283-6.

• Funding sources

• Start year of the project :2019

• Duration: 2 years

Ce projet a obtenu un financement par l’Europe et la Région Midi-Pyrénées.

Cette action est inscrite dans l’axe 1, Objectif spécifique 1, Action 1 du programme opérationnel FEDER-FSE Midi-Pyrénées et Garonne 2014-2020.La Région apporte son soutien au financement de ce projet dans le cadre de la procédure « Structures mutualisées de recherche – soutien aux projets R & D collaboratifs et ses modalités de paiements »

La durée de ce projet est de 3 ans avec un démarrage au 01.01.2016.

Résumé du projet

Afin de toujours se positionner à la pointe des technologies pour l’analyse des génomes des végétaux, le CNRGV doit s’adapter aux nouvelles technologies en émergence et proposer des solutions adaptées à la recherche de pointe et de qualité. Dans ce cadre, le CNRGV développe de nouvelles approches afin de mieux étudier les génomes végétaux et participer efficacement aux projets de recherche auxquels il collabore avec de nombreux laboratoires.

Dans le cadre de ce projet deux axes principaux seront développés :

• La mise en place d’une technologie de cartographie optique qui permet d’étudier la structure des génomes dans leur globalité en établissant des cartes physiques mais aussi plus finement en identifiant des variations structurales. Un nouvel équipement, l’Irys® de BioNano Genomics sera acquis lors de ce projet qui permettra d’améliorer la connaissance des génomes végétaux et ainsi de mieux caractériser des mécanismes biologiques d’intérêt.
• Le développement d’une   approche innovante permettant de sélectionner rapidement des régions génomiques responsables de caractères d’intérêt agronomique majeurs. En effet, chez les plantes, un grand nombre de caractères sont associés à des mutations génétiques dans des régions spécifiques. Ce projet de développement méthodologique construit en partenariat avec Picometrics et l’équipe d’Aurélien BANCAUD du LAAS-CNRS (Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes de TOULOUSE), a pour but de développer une approche permettant d’identifier et d’isoler efficacement des régions candidates grâce au séquençage des fragments d’ADN ciblés.

L’enjeu de ce projet est de proposer de nouveaux outils performants et adaptés pour l’analyse à haut-débit des génomes des végétaux en tenant compte des évolutions des technologies dans le domaine. Cela permettra également de conforter la reconnaissance du CNRGV en Europe et plus largement, sur le plan international, auprès de la communauté scientifique publique et privée.

Pour la réalisation de ce projet, le CNRGV a également obtenu le financement pour le recrutement de 2 ETP en CDD pour une durée de 3 ans. ( Céline Chantry-Darmon et Céline Jeziorski ont été recrutées au démarrage du projet en janvier 2016. Sandrine Arribat est arrivée en février 2017 en remplacement de Céline Jeziorski).

Nos communications sur le projet

08/07/2016        DynaGev

06/10/2016         EPGV

23/11/2016         HeliOr Bionano

16/01/2017         PAG 2017 Bionano / PAG 2017 consortium Sunflower/ PAG2017 Poster Tournesol / PAG2017 Poster CATCH

16/03/2017         Plant Genomics and Gene Editing Congress

14/01/2018         PAG 2018 Poster CATCH