Caractérisation de clones BAC

 Caractérisation de clones BACs par séquençage long reads Hifi de PacBio

Le CNRGV relie les caractères d'intérêts des plantes aux séquences génomiques qui les gouvernent grâce à la construction et au criblage de banques de clones BACs. Les clones identifiés sont caractérisés par séquençage long-reads.

Nous utilisons la technologie de séquençage PacBio HiFi. Les lectures produites par le système Sequel II de PacBio sont des lectures de haute qualité, dites haute fidélité (HiFi), présentant des tailles moyennes comprises entre 17 et 20 kb.

Elles permettent d'assembler les régions répétées, particulièrement fréquentes chez les plantes, et d’obtenir un assemblage en un contig unique par clone BAC.

Nous collaborons étroitement avec plusieurs plateformes de séquençage, dont celles de l’infrastructure INRAE Genomics, pour accéder à cette technologie.

Les clones BACs sont séquencés en multiplex. Les séquences appartenant à un clone lui sont attribuées grâce un système de tags spécifiques.

Un pipeline dédié à l'assemblage des clones BACs a été développé par notre équipe de bio-informatique.

Équipement caractérisation de clone BAC

Le CNRGV dispose de l’équipement complet pour produire des matrices ADN destinées au séquençage (ADN génomique de très haut poids moléculaire, ADN extrait de clone BAC). Différents protocoles sont proposés pour s’adapter aux différents séquenceurs.