Caractérisation de génome complet

WGC illustration

Caractérisation de génomes en utilisant les technologies "Long reads" de PacBio

Le CNRGV propose un service complet de séquençage de génomes de plantes allant de l'extraction de l'ADN jusqu'à la production du génome assemblé. Nous collaborons avec différentes plateformes de séquençage, fournissant les dernières technologies de séquençage "long reads" de PacBio.

Grâce à nos 15 ans d'expertise en extraction d'ADN de haut poids moléculaire, nous sommes capables de travailler sur toutes les espèces végétales. Nous adaptons également la stratégie de séquençage en fonction de vos objectifs et de la complexité du génome de votre plante d'intérêt.

En fonction de l'objectif final du projet (tel que l'assemblage de novo ou l'identification des variations structurelles), nous proposons deux méthodes de préparation de librairies: CLR (Continuous Long Reads Sequence) pour produire des lectures très longues ou CCS (Consensus Circular Sequence) pour produire des Lectures longues HiFi (figure 1).

Nous avons choisi d'utiliser le système Sequel II de PacBio pour sa précision et son débit car une seule SMRTcell 8M fournit jusqu'à 450 Go de données brutes par run de séquençage.

En fonction de la taille du génome, plusieurs SMRTcell 8M peuvent être nécessaires pour produire une couverture génomique suffisante pour réaliser l'assemblage du génome. Au contraire pour les petits génomes, le multiplexage des échantillons sur une SMRTcell 8M est possible.

Par exemple, une couverture 21X du génome de tournesol de 3,6 Go a été obtenue à partir de 3 cellules SMRT 8M qui ont produit 61 Go de longues lectures HiFi avec une longueur d'insertion moyenne de 19 Kb.

L'équipe bioinformatique du CNRGV réalise la validation et l'assemblage des données pour fournir un assemblage génomique de haute qualité. Nous assurons le stockage et le transfert entièrement sécurisés des données.

Figure 1: Workflow de caractérisation de génome complet

   

*Pour plus de détails: https://www.pacb.com/smrt-science/smrt-sequencing /