Caractérisation de génome complet

WGC illustration

« de la graine au génome »

 

Le CNRGV est un partenaire pour les projets de caractérisation de génomes de plantes, depuis l'extraction de l'ADN jusqu’à l’assemblage du génome au niveau chromosomique.

Fort de 15 ans d'expertise en génomique végétale, notamment en extraction d'ADN de haut poids moléculaire, nous proposons des stratégies adaptées aux spécificités des plantes étudiées et aux objectifs scientifiques poursuivis.

Nous réalisons l’extraction, la qualification et la préparation de l’ADN à partir de matériel végétal issus de semis que nous réalisons ou prélevé in-situ.

Ensuite, nous collaborons étroitement avec plusieurs plateformes de séquençage, dont celles de l’infrastructure INRAE Genomics, pour accéder à la technologie de séquençage PacBio HiFi. Les lectures produites par le système Sequel II de PacBio sont des lectures de de haute qualité, dites hautes fidélité (HiFi), présentant des tailles moyennes comprises entre 17 et 20 kb.

Notre équipe bio-informatique réalise la validation de ces données, puis les assemble en contigs qui constituent une séquence génomique.

Nous combinons ensuite cette séquence à des données complémentaires pour les organiser à l’échelle chromosomique. Parmi ces données figurent les cartes optiques que nous produisons ou les cartes génétiques.

Nous gérons le stockage et le transfert des données de manière entièrement sécurisés.

Nous validons actuellement l’utilisation du logiciel EuGene pour l’annotation des génomes assemblés.  Cette possibilité est proposée sous forme de développement.