Caractérisation de génome complet

« de la graine au génome »

Le CNRGV est un partenaire pour les projets de caractérisation de génomes de plantes, depuis l'extraction de l'ADN jusqu’à l’assemblage et l’annotation du génome au niveau chromosomique.

Fort de 20 ans d'expertise en génomique végétale, notamment en extraction d'ADN de haut poids moléculaire, nous proposons des stratégies que nous adaptons aux spécificités des plantes étudiées et aux objectifs scientifiques poursuivis.

Nous réalisons l’extraction, la qualification et la préparation de l’ADN à partir de matériel végétal, issu de semis que nous réalisons ou prélevé in-situ.

Ensuite, nous collaborons étroitement avec plusieurs plateformes de séquençage, dont celles de l’infrastructure  INRAE Genomics, pour accéder à la technologie de séquençage PacBio HiFi. Les lectures produites par le système Revio de PacBio sont des longues lectures de haute qualité, dites hautes fidélité (HiFi), présentant des tailles moyennes comprises entre 17 et 20 kb.

Notre équipe bio-informatique réalise la validation de ces données, puis les assemble en contigs qui constituent une séquence génomique.

Nous produisons ensuite des  cartes optiques et des données Hi-C pour corriger et organiser les contigs à l’échelle chromosomique. Nous pouvons également intégrer d’autres ressources disponibles (génome de référence proche, carte génétique) pour valider et finaliser les génomes.

Nous gérons le stockage et le transfert des données de manière entièrement sécurisée.

Nous utilisons le logiciel EuGene pour réaliser l’annotation des génomes assemblés. Nous pouvons fournir les données IsoSeq nécessaire à l’annotation.