Le projet «Occitanie-GENOSOL» porté par le CNRGV propose une accélération de la caractérisation génomique du Tournesol pour permettre une meilleure valorisation de la diversité de l’espèce pour la production de variétés cultivées durables.
Les partenaires du projet, INRAE-CNRS LIPME SPI et Innolea*, s’appuieront sur des technologies innovantes pour produire et analyser des ressources génomiques de haute qualité pour 20 variétés sauvages et cultivées de Tournesol. Plusieurs génomes de la plante parasite Orobanche, bioagresseur à haut risque en émergence au niveau régional seront eux aussi caractérisés afin de donner les clés aux scientifiques pour mieux comprendre les interactions et les mécanismes sous-tendant sa virulence vis-à-vis de différentes variétés de Tournesol cultivées.
Les données et les outils d'analyses développés dans le cadre du projet permettront d’identifier plus rapidement les structures génomiques et variations associées à des traits de résistance à plusieurs stress biotiques du Tournesol. Ceci permettra d'optimiser la création de nouvelles variétés plus adaptées aux contraintes environnementales, climatiques et sociétales. En particulier et en priorité les outils seront mis en œuvre pour l’identification de nouveaux allèles conférant une résistance naturelle contre l’Orobanche.
Quatre génomes de Tournesol seront rapidement partagés au sein de la communauté scientifique par le biais du Consortium international de génomique du tournesol et contribueront à l'effort international pour caractériser et améliorer cette espèce économique majeure. D'autres le seront après analyse dans le cadre du projet et valorisation des résultats scientifiques par les partenaires.
Ainsi grâce à ce projet financé en 2021 par la Région Occitanie nous mettons en place au CNRGV les outils et expertises qui permettront de caractériser à grande échelle des ressources génétiques précieuses et d’identifier dans la diversité de nouvelles sources de variabilité pour toute espèce végétale d’intérêt. Ces connaissances seront source de durabilité et de gain économique pour les semenciers, agriculteurs et industriels.
* Innolea est une entreprise de recherche en génétique et génomique végétale fédérant trois acteurs français majeurs de l’obtention variétale oléo-protéagineuse, Euralis Semences, Limagrain, RAGT Semences, et le fonds d’innovation des huiles et protéines végétales porté par Sofiprotéol.
Principales actions du projet :
- Renforcer les outils de production et d’analyse de données du CNRGV, via notamment l’achat d’un matériel de cartographie physique des génomes de dernière génération (Saphyr Bionano) et de ressources de calcul/stockage de données
- Produire et analyser des données génomiques de très haute qualité pour 20 génomes de Tournesols et 4 variété d’orobanche
- Mettre en place des outils bio-informatique pour l’annotation et la visualisation des génomes produits, ainsi que des pipelines d’étude des variations structurales des génomes, en lien avec des caractères d’intérêt majeur (résistance du Tournesol à divers bio-agresseurs, virulence de populations d’orobanche)
- Analyser la diversité d’une région majeure impliquée dans la résistance à Orobanche chez 25 accessions sauvages et cultivées de Tournesol.