La combinaison des données de carte optique, produit à partir de la nouvelle version du Saphyr installée au CNRGV en aout, avec les données de séquençage Pacbio Hifi, nous ont permis d’obtenir rapidement un excellent assemblage du génome de Coffea mauritania.

Coffea mauritania possède un génome diploïde de 450Mb qui comporte 2n=22 chromosomes et présente un taux d’hétérozygotie faible estimé à 0,6%. A partir de l’ADN de haut poids moléculaire que nous avons extrait de jeunes feuilles fraiches, nous avons obtenus :

- Une carte optique composée de 70 cartes avec une N50 de 28Mb.

- Un assemblage Pacbio Hifi composé de 1443 contigs avec une N50 de 31 Mb.

En combinant les données issues de ces deux technologies, nous avons obtenus 11 scaffolds principaux présentant une N50 de 36Mb ce qui correspond à 1 scaffold par chromosome. Un tel assemblage de télomère à télomère constitue une référence extrêmement précieuse pour étudier les dynamiques évolutives des cafés et notamment les variations structurales intra et interspécifiques.

Ces résultats sont le fruit du travail de Nathalie Rodde pour la production de la carte optique, Caroline Callot pour la production des librairies Pacbio Hifi, de Charlotte Cravero pour l’assemblage des données de séquençage et de Stéphane Cauet pour la l’assemblage hybride des deux technologies (CNRGV). Ce travail a été réalisé dans le cadre d’un projet collaboratif initié par Philippe Lashermes de l’UMR RPB-Equipe DIVA ( IRD Montpellier-France).