La production des cartes optiques nécessite de disposer d’ADN de très grande taille et pour certaines espèces végétales cela s’avère parfois difficile.

Nous avions des difficultés pour produire de l’ADN à partir de deux espèces de blé, l’une diploïde (n=7 chromosomes, 5Gb) et l’autre hexaploïde (n=21chromsomes, 14Gb). Nous avons essayé et persévéré pour finalement obtenir l’ADN de haut poids moléculaire attendu en développant un protocole d’extraction à partir des racines alors que nous ne travaillions jusqu’alors qu’à partir de feuilles.

Cette innovation a permis de produire des cartes optiques d’excellente qualité pour les deux espèces. La carte du blé diploïde comprend 120 maps avec une N50 de 164Mb et celle du blé hexaploïde comprend 968 maps avec une N50 de 51Mb.

Dans les deux cas, les maps les plus grandes correspondent à des bras de chromosomes.

Pour le blé diploïde, la combinaison de la carte optique avec les données de séquences PacBio Hifi a produit une séquence assemblée du génome comprenant 24 scaffolds et une N50 de 522Mb.

Ces résultats sont le fruit du travail de Stéphane Cauet, Nathalie Rodde et Caroline Callot (CNRGV) dans le cadre de deux projets en collaboration avec l’ université de KAUST (Michael Abrouk, Hanin Ahmed, Naveenkumar Athiyannan, Simon Krattinger) impliquant également le CenGen et l’ université de Stellenbosch pour le blé hexaploïde.