Dans le cadre du projet WheatOMICS, des équipes de l’ UMR GDEC, du Genoscope et du CNRGV ont réalisé l’assemblage à l’échelle des chromosomes de la variété de Blé tendre Renan. Cette variété de blé d’hiver créée par AgriObtentions, filiale d’INRAE, demeure largement utilisée 30 ans après son inscription, notamment en agriculture biologique pour sa régularité de rendement, sa résistance aux maladies et sa valeur boulangère.
La stratégie était d’utiliser la technologie de séquençage longues lectures d’Oxford Nanopore Technology (ONT) pour décrypter ce génome de 15 Gb, présentant un taux de séquences répétées supérieur à 85 % et une structure hexaploïde issue de l’hybridation de trois génomes A, B et D.
Dans un premier temps, pour tirer le meilleur parti de la capacité de la technologie ONT à produire de très longues lectures, nous avons réalisé l’extraction de l’ADN de haut poids moléculaire destiné au séquençage longues lectures au Genoscope. Dans le même temps, un séquençage courtes lectures était réalisé. La combinaison et l’assemblage de ces séquences ont permis d’obtenir des contigs avec une N50 de 1,1 Mb.
En parallèle, nous avons extrait de l’ADN de très haut poids moléculaire et produit la carte optique du génome. La carte optique obtenue présentait une N50 de 37,5 Mb.
La combinaison des données de séquençage et de carte optique a finalement permis d’obtenir 79 scaffolds avec une N50 de 48 Mb.
Le génome Renan, qui a été annoté, constitue une ressource pour faciliter la sélection rapide de caractères d’intérêt agronomique et contribue à la connaissance de la diversité génétique du blé tendre.