Le manioc (Manihot esculenta TME204) est une culture vivrière largement répandue dans les régions tropicales et subtropicales. En dépit de son importance pour la nutrition, jusqu’à présent, le gain génétique obtenu par la sélection moléculaire du manioc a été limité, notamment par l’absence d’une séquence de référence de qualité. L’assemblage du génome du manioc est difficile du fait du haut niveau d’hétérozygotie de la plante, cas de figure fréquent lorsque les plantes cultivées en population.
Pour résoudre cette difficulté, la technologie PacBio Hifi a été utilisé. La qualité des séquences a permis de faire l’assemblage en séparant les deux haplotypes.
Nous avons contribué à ce projet en construisant une banque BAC afin de valider le bon assemblage des haplotypes en comparant les séquences de clones BAC avec la séquence du génome complet. Pour cela, nous avons construit une banque BAC du génotype d’intérêt puis séquencé plusieurs clones BAC d’une centaine de Kb. Les contigs obtenus pour chaque clone ont permis de vérifier leur bon alignement avec les séquences haplotypiques produites.
Le génome sous sa version haplotypique a ensuite été annoté, il constitue une ressource précieuse pour la sélection de nouvelles variétés et pour la recherche sur le manioc.
Ce projet a été mené en étroite collaboration avec le Functional Genomics Center Zurich de ETH Zurich et le Department of Biology, Institute of Molecular Plant Biology de l' ETH Zurich