Le génome de la variété de vanille Vanilla planifolia, espèce majeure au niveau mondiale pour la production des gousses, vient d’être publié.

L'assemblage de ce génome hétérozygote de 4 gigabases représente 83% de la taille totale des 16 chromosomes qui le composent et comporte 59 000 gènes.

Ce génome va permettre d'accélérer et de rendre plus précis le processus de création de nouvelles variétés de Vanille.

Sa publication est le résultat de 4 années de travail d’un consortium français coordonné par le Cirad à La Réunion.

Il est composé de deux établissements privés,  Eurovanille et V. MANE FILS, ainsi que de six organismes publics de recherche : le Cirad, l’ Université de La Réunion, INRAE, le CNRS, l’ Université Paris-Saclay, et l’ Établissement Vanille de Tahiti. 

Dans le cadre de ce consortium, Le CNRGV a réalisé les extractions d’ADN de hauts poids moléculaires destiné au séquençage Hifi PacBio et à la production d’une carte optique.

Afin de pallier le phénomène d’endoréplication partielle du génome, qui induit des variations du contenu en ADN des cellules selon les tissus, nous avons utilisé les nœuds de la liane de vanille pour réaliser ces extractions d'ADN.

Les séquences ont été produites par la plateforme GeT-Plage puis assemblées par la plateforme bioinformatique SouthGreen à Montpellier.

Nous avons finalement réalisé l'intégration des séquences assemblées en contigs avec la carte optique du génome pour obtenir un assemblage final continu de haute qualité incluant la séparation des haplotypes.