Conservation & distribution d'échantillons génomiques
Clonage et caractérisation de grands fragments d’ADN
Extraction d’ADN de haut poids moléculaire
Cartographie optique de génome
Scaffolding de génome basé sur la technologie Hi-C / Omni-C
Caractérisation de génome complet
Capture de grands fragments d'ADNBanques BAC non réarrangées
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Les banques BACs assurent une efficacité sur le long terme pour les analyses de génomes. Ses multiples utilisations, telles que le clonage positionnel, la cartographie physique ou le séquençage de génome, facilitent les projets sous plusieurs angles d’attaque. Cependant, l’investissement pour la construction d'une banque BAC est important si le seul but est de connaître une ou deux régions génomiques.
Afin de réduire les coûts et d’améliorer l'accès aux régions génomiques d'intérêt, le CNRGV a élaboré une stratégie de banque génomique ciblée. Les clones BACs de banques génomiques ciblées sont maintenus en mélange contenant environ 1000 à 3000 événements et criblés immédiatement après leur transformation. Cette approche permet l'isolement de clones d'intérêt, tout en évitant l'étape coûteuse et laborieuse d'organiser les clones BAC dans des microplaques.
Le CNRGV offre la possibilité de construire une banque BAC ciblée d'un génotype d’intérêt, en commençant par une couverture du génome de 1 ou 2 x (avec des inserts de taille moyenne autour de 110kb). Les mélanges sont ensuite criblés en utilisant des marqueurs spécifiques de la région d'intérêt, en utilisant la PCR en temps réel. Les clones BACs portant les marqueurs sont alors individualisés et peuvent être séquencés en utilisant les technologies de séquençage d’ADN nouvelle génération (pool de BACs séquencé avec la technologie Pacific Bioscience ). |
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Les banques génomiques ciblées ont prouvé leur efficacité et sont notamment utiles dans les études sur la diversité de régions spécifiques entre différentes variétés de plantes.
Divers projets en collaboration sont basés sur cette stratégie :
- Ger4 locus characterization in 8 barley varieties and it relation with powdery mildew resistance (IPK, Germany)
- ZeaWall : Towards the identification of genetic determinisms involved in lignified secondary cell wall degradability through the elucidation of QTLs (Crop companies)
- Mapping of the tiller inhibition gene tin for Oligoculm wheat line / Jérôme SALSE (INRA-Clermont Ferrand, France) and Wolfgang SPIELMEYER, (CSIRO-Canberra, Australia)
- Characterization of a genomic region of interest in Courtot wheat line / Pierre SOURDILLE - Catherine FEUILLET (INRA-Clermont Ferrand)
- Characterization of sr2 locus in wheat Hope line involved in durable resistance to the wheat stem rust pathogen / Wolfgang SPIELMEYER (CSIRO-Canberra, Australia) / http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25547135
- Characterization of a genomic region of interest in Pavon 76 wheat line / Evans LAGUDAH (CSIRO-Canberra, Australia)
- Identification of the genomic region responsible for the resistance to the leaf rust in the weat variety Sinvalocho MA using non gridded BAC library.
- Characterization of a genomic region of interest in barley / Jan GIELEN - Carine Rizzolatti (Syngenta-Toulouse, France)
La stratégie de banque BAC ciblée est un moyen efficace pour isoler votre région génomique d'intérêt et aussi d'explorer sa variabilité entre les génotypes / cultivars spécifiques.
